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Sequencher 5——DNA 序列分析软件
Sequencher  - DNA 序列分析软件
Sequencher 是 DNA 序列分析的工业标准软件。它可以和所有的自动序列分析仪一同工作,并且因为它的极速 Contig 组装、很短的学习曲线、用户友好的编辑工具,以及卓越的技术支持而众所周知。

2016年8月正式发布Sequencher 5.4.5。

Sequencher 5.4.5扩大了大型基因组功能。用BWA-MEM和GSNAP插件的BAM文件取代了SAM文件输出。这个小改变有很大影响NGS序列分析的几个方面。首先这大大降低了NGS的存储需求分析。其他NGS工具也将受益于使用BAM文件。BAM文件加载在NGS查看器的程序,如平板电脑会快得多。

 

Sequencher 从差不多 15 年前释出第一个版本到现在,Sequencher 在每个基因专业和制药公司中都应用与于序列分析任务,同时在全球超过40个国家里为数众多的学术和政府实验室中使用。Sequencher 被生命科学研究者们使用于许多不同的 DNA 序列分析应用方面,包括基因重组、突变检测、法医的人体辨别,以及分类学等等...

Sequencher 的能力包括杂合子和 SNP 的检测和分析,cDNA 到 染色体 DNA 的大型间隙对准,比较排序,对置信评分的支持、ORF 转换、基因银行特性化导入、以及限制酶映射等等。

Sequencher 产品特性:
SNP 检测 (SNP Detection)
序列装配 (Sequence Assembly)
序列编辑 (Sequence Editing)
自动分析 (Automated Analysis)
矢量微调 (Vector Trimming)

SNP 检测
使用 Sequencher 来进行比较对准以便鉴别和报告 SNP 以及突变。
例如,调用第二峰..功能分析你的所有序列以寻找潜在的杂合子。你可以控制定义一个杂合子的严格度。
你可以从一个杂合子跳到下一个,而仅仅需要在 Base View 里面按一下空格键。你还可以观察一致及其参考序列的转换。
序列装配

Sequencher 的装配算法可以将你的 DNA 片断快速而又准确的装配起来。自觉的工具允许你在数秒内就可以设置好参数并且调整它们。
你完全可以不顾方向的装配序列。Sequencher 会比较前端和反转补体方向来装配最可能的 Contig。
将 Sequencher 的多功能装配工具应用到:
确定矢量构造
装配病毒和细菌基因组
从 cDNA 库中聚类数以万计的序列
将基因变体和一个参考序列做对比
创建一个引物地图
将 cDNA 装配成基因组序列
以及其他许多项目...

序列编辑
Sequencher 能够给你足够的信心认为一个序列是绝对正确的。你可以只观察一个序列的色谱图,你也可以从前端或反方向同时查看多个对齐的色谱图。 在你的已对齐数据中滚动是很容易的。你可以使用 Sequencher 的选择工具来高亮不一致或者低质量的区域。

自动分析
Sequencher 可对你的数据进行批处理,这个过程是透明、用户可定义、可恢复的,并且 Sequencher 从不为了自动化的目的而破坏你科学结论的正确性。
当你工作在多个序列时,Sequencher 可以:
调用第二峰
调整矢量
调整低质量的尾端
创建一致序列
恢复到实验数据

Sequencher 总是管理两份数据,一份编辑过的,一份则是原始的导入数据。当你应用“Revert to Experimental Data”命令到在你项目中已选定的序列或者在一序列中的选中部分时,你可以撤销所有或者部分编辑动作。

自从 4.5 以后,Sequencher 就包含了一个新的自动化工具,“Assemble by Name”。依靠“Assemble by Name”,你可以选择片段名的一部分作为一个共享的标识符,或者说是“装配句柄”。Sequencher 就可以将选择和名字自动转换为 Contig。例如,仅仅通过一个按钮的点击,你就可以将 90 个文件,45对前端和反向序列转换成 45 个根据你的病人编号命名的 Contig。装配参数的每个变化都会重组你的片段,因此你可以根据克隆编号、日期、引物,或者其他任何你记录在序列名称中的特征,来装配 Contig。

如果你做了许多排序,你会感激“Assemble by Name”,尤其是在你有许多个带有一个标准引物集的样本序列时。事实上,任何在序列名中具有可用信息人的人,都有可能使用“Assemble by Name”。一些应用包括:
用于身份鉴定和人口研究的 MHC 和线粒体基因排序。
候选基因的 PCR 产品的分析。
对保存的跨系统分类物种基因的排序。
通过跟踪病毒对抗病毒剂或疫苗的抗药性,对病毒序列进行监控。

即使在项目中只有一个 Contig,“Assemble by Name”仍然是有用的,因为它确保 Contig 的名称可以精确的表述样本的名称。如果你有命名为“Bob”的样本,那么正确命名你的 Contig 并不是什么难事,但但你有象“Bob-2309888762-4321”这样更复杂的名字时,允许 Sequencher 命名你的 Contig 是非常有用的。

矢量调整
自动排序器以基础调用错误生成结果。从 DNA 库克隆的序列通常包括矢量序列、polyA 尾,或其他不相关序列。内含子和引物序列通常会和放大的外显子序列侧面相连。不调整的话,这些污染物会扭曲你的装配和下游分析。 Sequencher 允许你调整低质量或者含糊的数据。“Trim Ends”将令人误解的数据从序列片段的尾部去除。“Trim Vector”将污染序列尾部的特定序列数据移除。“Trim to Reference”剔除超出装配参考序列的序列尾部。 

Gene Codes Corporation announces the release of Sequencher 5.4.5, DNA Sequence Analysis Software. This new release focuses on ease of use and efficiency. Sequencher 5.4.5 reinforces Gene Codes' commitment to give clients software that is both powerful and easy to use.


Sequencher 5.4.5 expands on the large genome functionality. The BWA-MEM and GSNAP plug-ins for NGS alignment now output BAM files instead of SAM files. This small change has a big impact on several aspects of NGS sequence analysis. For starters this drastically reduces the storage requirements for NGS analyses. Other NGS tools will also benefit from using BAM files. BAM files will load much faster in NGS viewer programs such as Tablet. The Cufflinks suite requires BAM files as inputs for multiple steps. By eliminating the need for a conversion to the BAM format, the Cufflinks RNA-Seq workflow is faster in Sequencher 5.4.5 than in previous versions.


Sequencher's External Data Browser (EDB) has also received an update. The EDB now launches automatically whenever an NGS tool is selected, and it auto-refreshes to update you on a run's progress. A similar feature has been implemented with running FastQC analyses. FastQC runs open automatically once they are completed. For groups of 5 or more FASTQ files the user is provided with the option of selecting which FastQC analyses to visualize. Another improvement in Sequencher 5.4.5 is that users can now create permanent NGS reference indexes/databases from a consensus sequence in the Project Window, in addition to creating them from external sequences.


On the Sanger side of things, Sequencher 5.4.5 has a new feature called "Batch Revert Trim Ends" which gives the user even finer control over sequence trimming. You can use this feature to selectively restore any number of 5' or 3' bases if you've trimmed too much. This feature will work with or without chromatogram data.


Last but certainly not least, users can now customize the font size in the project window. The average monitor has continued to grow in size so this should be a nice change for those who wish to use higher resolutions with bigger monitors.

Sequencher 4.10.1 ----DNA Sequence Assembly Software
Sequencher is the biologists choice for DNA sequence assembly and analysis software. Sequencher includes:  Multiple, configurable DNA assembly algorithms
Comprehensive DNA sequence editing tools
Full support of sequence data confidence values
Powerful Reference Sequence and the Variance Table find SNPs quickly and easily.
Comprehensive Restriction Mapping
Extensive data import & export capabilities, including customizable GenBank Feature handling  Specialized tools for Forensic mtDNA profiling
Comprehensive HTML Help throughout

How Sequencher Will Help You...
Are you frustrated that most bioinformatics software programs are hard to learn? Imagine DNA software that is so easy to learn and fast to use that you save hours a week, giving you more time in the lab...What could you do with all that extra time?  Sequencher from Gene Codes Corporation helps you go from DNA sequence data to results easier and faster than ever! Almost 20 years of daily use by biologists in labs around the world have refined Sequencher’s tools and interface. You get the power & speed to get accurate results from your DNA analysis, and get back into the lab more quickly! 

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